Начал свою профессиональную карьеру в «Брешии», с которой в первый же сезон смог перебраться в серию А. Было это в 1999 году. В 2000-м же стал основным защитником этой команды и провел в ней два сезона, прежде чем перейти в «Парму». В составе этого клуба Бонера провел 4 сезона, сыграл 139 матчей и забил 1 гол. В «Милане» с 2006 года. В 2006-2007 сезоне Бонера провел за красно-черных 25 игр в чемпионате, 5 в кубке Италии и 6 в победной Лиге чемпионов. В сезоне 2007-2008 также регулярно выходил на поле.
Думаю, его можно выгодно обменять на кого-нибудь!